درس تمثيل البنية الفراغية للبروتينات، المجال التعلمي
التخصص الوظيفي للبروتينات، الوحدة التعلمية العلاقة بين بنية ووظيفة البروتين، دروس
العلوم الطبيعية للسنة 3 ثانوي شعبة علوم تجريبية.
يمكنك تحميل درس تمثيل البنية الفراغية للبروتينات على شكل ملف بي دي أف بالضغط على زر تحميل
يمكنك تحميل درس تمثيل البنية الفراغية للبروتينات على شكل ملف بي دي أف بالضغط على زر تحميل
 |
| تمثيل البنية الفراغية للبروتينات |
1) تمثيل البنية الفراغية للبروتينات:
أ) تمثيل
البنيات الفراغية للجزيئات البسيطة (أحماض أمينية):
يمكن تمثيل البنية الفراغية لجزيء بسيط من الأحماض
الأمينية بعدة طرق (نماذج) منها:
• نموذج العود:
تمثل الذرات المشكلة للجزيء بعيدان مختلفة الألوان.
مثلا يمثل عنصر الآزوت بعيدان زرقاء، ويمثل عنصر الكربون بعيدان سوداء رمادية، ويمثل
الأكسجين بعيدان حمراء، أما الهيدروجين فيمثل بعيدان بيضاء.
• نموذج الكرة والعود:
تمثل عناصر ذرات العناصر المكونة للجزيء بكرات مختلفة
الألوان والأحجام، فذرات الكربون تمثل بكرة رمادية، أما ذرة النيتروجين بكرة زرقاء
.. وهكذا.
• النموذج
المكدس (نموذج الكرة):
تمثل فيه ذرات العناصر المكونة للجزيء بكرات مختلفة
الأحجام والألوان والأشكال، على أن تكون الروابط الكيميائية بينها ممثلة بوصلات قصيرة
جدا، وهو ما يجعل هذه الكرات قريبة من بعضها البعض، فتبدو مكدسة.
الأشكال الآتية توضح كيفية تمثيل البنية الفراغية
للحمض الأميني - أنالين - وفقا للنماذج السابقة:
ب) تمثيل
البنية الفراغية للجزيئات الكبيرة:
تستخدم النماذج السابقة إلى جانب نماذج أخرى لتمثيل
البروتينات.
لكل نموذج مستخدم مزايا وعيوب.
• نموذج
الشريط والنموذج الشريطي السميك:
- يسمح هذان النموذجان بإظهار البنيات الثانوية
الحلزونية، سواء كانت αباللون
الأحمر، والبنيات الثانوية β تكون
عادة على شكل سهم باللون الأصفر أو الأزرق.
- يظهر مناطق الإنعطاف (المناطق البينية)
وتكون على شكل خط أبيض سميك.
- من مزايا هذا النموذج أنه يسمح بحساب عدد
السلاسل المكونة للجزيء. ومن عيوبه أنه لا يسمح بتمييز المواقع الفعالة للإنزيمات.
استخدام الكمبيوتر في دراسة البروتينات:
توجد برمجيات خاصة تسمح بتمثيل البنية الفراغية
للبروتين ودراسته. من هذه البرامج برنامج .Rastop
Rastop هو أحد البرامج المستعملة لعرض البنية الفراغية
للجزيئات وخاصة البروتينات. وهو نسخة مطورة من البرنامج الأصلي Rasmol الذي أنشأه روجر سايل سنة 1992.
يسمح هذا البرنامج بدراسة البنية الفراغية للبروتينات وذلك عن طريق:
- تدوير الجزيء في جميع الإتجاهات.
- تغيير نموذج العرض - تغيير اللون.
- معرفة عدد وتتابع الأحماض الأمينية.
- اختيار حمض أميني أو بنية ثانوية أو قطعة
بيبتيدية.
- تحديد جزء من البروتين - تحديد الموقع الفعال.
- يقدم معلومات عن بنية الجزيء، عدد السلاسل البيبتيدية
المكونة له، وعدد الحلزونات α،
والبنيات الثانوية β التي توجد في الجزيء ...
ليست هناك تعليقات:
إرسال تعليق